Contenu pédagogique AMIP


SEMESTRE 9 parcours AMIP

 

  • UE commune aux deux parcours AMIP et BIMNS

 

M.BSIS 9.600 – Techniques et méthodologie pour la recherche en biologie (30 h TD) – Isabelle Lartaud

EC9.600A : Outils et Techniques en Biologie : Donner un aperçu et des connaissances de base sur les techniques classiques et les techniques plus modernes permettant d’appréhender les problèmes biologiques.
Techniques génomiques et transcriptomiques et RNomiques : Méthodes en génétique humaine – Apport de la génomique intégrative – Outils informatiques pour l’annotation et l’analyse comparative de génomes – Séquençage à haut débit – Techniques de co-expression – Génération d’OGM.
Techniques en biologie cellulaire: Culture cellulaire – Cytométries de fluorescence – Thérapie cellulaire.
Techniques biophysicochimiques : BIAcore interactions protéines-ligands – spectrométries Brillouin et Raman – ITC – DSC – Modalités d’Imageries en microscopie optique – Traitement d’images.

EC9.600B : Management/communication : Préparer les étudiants à la vie en entreprise et son fonctionnement – travail en groupe – bilans de compétences – CV – projet professionnel.

EC9.600C : Méthodologie en Recherche expérimentale : Maîtrise de la recherche et de l’exploitation des bases de données, aspects réglementaires.
Brevet – Propriété industrielle – Organisation de la recherche et communication scientifique – Exemples de valorisation en recherche.
Bonnes Pratiques de Laboratoire – Notions d’archivage des données et de reporting.
Ethique et réglementation (cellules souches, tissus – nanoparticules – expérimentation animale – recherche clinique).
Formation en recherche documentaire – Maîtrise des moteurs de recherche et des logiciels de gestions des références bibliographiques.
Statistique – Méthodologie et élaboration d’un plan d’expérience en biologie.

 

  • UE d’ossature du parcours AMIP

 

M.BSIS 9.601 – Physiopathologie de la Réaction Inflammatoire (28 h CM, 2 h TD) – Jean-Yves Jouzeau, Pascal Reboul

Généralités sur la réaction inflammatoire : Présentation de la réaction inflammatoire – Modèles animaux d’inflammation – Immunité innée et récepteurs Toll en physiopathologie de l’inflammation – Cytokines pro-inflammatoires.
Approches thérapeutiques de la réaction inflammatoire : Récepteurs nucléaires et modulation de la réaction inflammatoire – Anti-Inflammatoires Stéroïdiens et Non Stéroïdiens – Thérapie génique des maladies inflammatoires – Biothérapies et nouvelles approches thérapeutiques des maladies inflammatoires.
Principales maladies inflammatoires : Immunothérapie du sepsis – Maladies inflammatoires du colon et de l’intestin – Rhumatismes Inflammatoires – Inflammation respiratoire, Inflammation et athérosclérose.
Lecture critique d’articles traitant de la réaction inflammatoire : Analyse bibliographique (1) – Analyse bibliographique (2).

 

M.BSIS 9.603 – Fonction des ARN dans les mécanismes biologiques normaux et pathologiques (26 h CM, 4 h TD) – Bruno Charpentier

Rappels sur le principe des mécanismes gouvernant l’expression des gènes et de leur contrôle aux niveaux transcriptionnel et post-transcriptionnel.
Les rôles multiples des ARN non codants (longs ARNnc, microARN, piRNA) :
leur importance dans la régulation de l’expression des gènes, le développement et la différenciation cellulaire, l’empreinte parentale, l’inactivation du chromosome X, dans les pathologies (cancers, pathologies cardiovasculaires).
Modifications des ARN et lien avec des pathologies.
Biogenèse et trafic cellulaire de complexes ARN/protéines (particules ribonucléoprotéiques RNP)
 : Leur rôle dans les processus biologiques. Liens existant entre pathologie et apparition d’anomalies dans ces processus. Complexe SMN et Amyotrophie spinale ; mRNP des sélénoprotéines et pathologies musculaires.
Régulation/dérégulation de l’épissage des pré-ARNm et pathologies.

En fonction des conférenciers invités (3 à 4 intervenants), différents autres thèmes en lien avec le rôle des ARN et des RNP et des pathologies pourront être abordés.

 

M.BSIS 9.605 – Bioingénierie et pathologies du métabolisme nutritionnel (30 h CM) – Jean-Louis Guéant

Bio-ingénierie du métabolisme : Métabolomique, principales techniques analytiques des biomarqueurs du métabolisme par LC-MS-MS, GC-MS et RMN, approche bio-informatique, outils cellulaires, phénotypage du métabolisme mitochondrial, modèles animaux.
Bases cellulaires et moléculaires des maladies rares du métabolisme: Maladies rares de la béta-oxydation mitochondriale, du métabolisme des monocarbones, de la vitamine B12, des isoprénoides, du fer et du cuivre et de l’iode.
Bases cellulaires et moléculaires des maladies complexes du métabolisme nutritionnel : Métabolisme énergétique mitochondrial et surnutrition, foetal programming et dysrégulations épigénomiques et épigénétiques des évènements précoces et tardifs de la vie. dysrégulations du métabolisme lipidique, obésité et syndrome métabolique, signalisation cellulaire de l’insuline et diabète de type 2.

 

  • UE au choix du parcours AMIP (une UE à choisir)

 

M.BSIS 9.611 – Ingénierie des enzymes et impacts en santé (30 h CM) – Sandrine Boschi-Muller

Mécanisme catalytique et spécificité structurale, avec les concepts et outils expérimentaux correspondants, d’enzymes d’intérêt médical ou biotechnologique.
Mécanisme d’action des inhibiteurs de nature chimique (marqueur d’affinité, photo-affinité, suicide, Photosuicide) et de nature protéique (serpin) : exemple des protéases impliquées dans la coagulation sanguine.
Mécanisme de résistance aux antibiotiques (par ex. bêta-lactamases) et de synthèse de nouveaux antibiotiques (systèmes multienzymatiques : les polyketides synthases).
Métabolisme des médicaments.
Anticorps catalytiques à potentiel thérapeutique.

4 conférences de 2h chacune par des invités conférenciers extérieurs à Nancy. Les exemples présentés mettront en évidence l’importance d’une approche pluridisciplinaire combinant les techniques d’ingénierie protéique, cinétiques, biophysico-chimiques, protéomiques et de biologie structurale.

 

M.BSIS 9.613 – Cancérologie expérimentale (30 h CM) – Jean-Louis Merlin

UE mutualisée avec la spécialité de M2 « Génie Cellulaire » (GC)

L’objectif de cette UE est de permettre aux étudiants d’approfondir leur niveau connaissance des différentes approches scientifiques et techniques utilisées dans le domaine de la cancérologie expérimentale (validation de cibles, protocoles expérimentaux, exploitation des résultats, biomathématiques, biostatistiques…).
Un intérêt particulier sera porté aux domaines porteurs de l’innovation thérapeutique, de la recherche translationnelle et des essais cliniques précoces.

 

M.BSIS 9.615 – Cellules musculaires lisses vasculaires et maladies cardiovasculaires (30 h CM) – Patrick Lacolley

L’UE développera une approche intégrative au niveau cellulaire et moléculaire du rôle des cellules musculaires lisses vasculaires dans les maladies cardiovasculaires et liées au vieillissement. Les thématiques seront centrées sur la différenciation et les voies de signalisation des cellules vasculaires, les interactions cellule-matrice, le stress oxydant et la réponse inflammatoire. Les mécanismes des maladies cardiovasculaires liées au vieillissement seront plus particulièrement étudiées telles que l’athérosclérose, l’hypertension artérielle, l’insuffisance cardiaque, les thrombophilies acquises et le diabète. Une partie clinique sur le risque cardiovasculaire, les aspects diagnostiques et thérapeutiques fera le lien avec cet enseignement fondamental.

 

  • UE au choix du parcours BIMNS (une UE à choisir)

 

M.BSIS 9.612 – Pharmacologie et cibles thérapeutiques : « Des cibles pharmacologiques au médicament » (6 h CM, 12 h TD, 12 h de conférences) – Christine Atkinson

Apprentissage de la démarche « recherche pharmacologique préclinique» pour la découverte d’un nouveau médicament axé sur une démarche scientifique générale, sur une approche critique  d’une problématique, sur le développement de la réflexion, et donc de la maturation et de l’autonomie de l’étudiant face aux modalités de découverte d’un nouveau médicament ; bases essentielles du travail de chercheur, pour le stage de master, pour le doctorat, puis pour un emploi dans les domaines public ou privé.
Description structurale et fonctionnelle des principales cibles pharmacologiques de médicaments (récepteurs membranaires et canaux ioniques, enzymes extra- et intracellulaires et voies de signalisation intracellulaires afférentes).
Modalités de découverte de cibles pharmacologiques par analyse (bases physiopathologiques, moléculaire, cellulaire, approches fonctionnelle et intégrée, in vitro et in vivo) de leurs dysfonctionnements individuels ou associés dans des pathologies importantes (insuffisance cardiaque, mucoviscidose et dépression par exemple) ou dans des processus communs à plusieurs types de pathologies (angiogenèse, par exemple).
Analyse de publications scientifiques ciblées dans les thèmes de conférences afférents aux pathologies et processus communs aux différentes pathologies (et présentation orale).
Projet de recherche axé sur cibles pharmacologiques/candidat médicament, développé sous la forme d’un rapport écrit synthétique : le sujet du projet est différent de la thématique de stage des étudiants.

 

M.BSIS 9.614 – Ingénierie Cellulaire : Des Aspects fondamentaux de la différenciation cellulaire aux aspects appliqués et réglementaires (30 h CM) – Danièle Bensoussan

Comprendre les mécanismes à l’origine de la différenciation cellulaire, présentation des applications d’ingénierie cellulaire mettant en pratique les notions de différenciation, d’expansion, de tri et de transformation cellulaires.
Totipotence et évolution au cours du Développement embryonnaire, cascade d’expressions géniques et différenciation de la cellule de Sertoli, différenciation normale et pathologique des cellules germinales.
Ingénierie cellulaire appliquée à l’immunothérapie anti-tumorale et anti-infectieuse.
Ingénierie cellulaire appliquée aux cellules souches (exemple des cellules souches mésenchymateuses, cellules souches hématopoïétiques, iPS).
Ingénierie cellulaire au service de la Thérapie Génique.
Autres applications d’Ingénierie cellulaire (coeur, œil, etc…).
Notions réglementaires en Thérapie cellulaire et dans la cadre des essais cliniques de Thérapie cellulaire et génique.

Les CM seront complétés par des interventions de conférenciers extérieurs qui pourront varier chaque année.

 

M.BSIS 9.616 – Principes et méthodologie de recherche en imagerie : de la cellule à l’organe (24 h CM, 4 h TP) – Jacques Felblinger

Présenter aux étudiants tous les aspects de l’imagerie, en partant de l’acquisition jusqu’à l’analyse de l’image. Nous développerons particulièrement l’imagerie particulière comme celle par résonance magnétique (IRM), l’imagerie PET, SPECT. Parallèlement, une partie des modules sera axés sur le traitement de l’image.
1) Bases physiques et techniques d’imagerie (IRM, Scanner, Ultrason et PET), 1 jour.
2) Traitement des images, 1/2 journée.
3) Produits de contrastes et traceurs en imagerie, 1/2 journée.
3) Applications avancées (diffusion, perfusion, spectroscopie), 1 jour.
4) Travaux Pratiques, ½ journée.


SEMESTRE 10 parcours AMIP

 

M.BSIS 10.000 – Stage de fin d’études

Le stage de fin d’études est réalisé selon le projet professionnel de l’étudiant (insertion immédiate ou poursuite d’études) soit en entreprise, secteur R&D, soit en laboratoire de Recherches, en France ou à l’Etranger. La durée de stage est de 6 mois (durée légale depuis juillet 2013).